一、容器选择
蜂巢蜜在长期保存时不能用金属容器，原因是蜂巢蜜本身是一种微酸性物质，长期使用金属容器保存蜂巢蜜易发生氧化反应而影响质量和保质期，另外蜂巢蜜也最好不要用塑料容器长期保存，那么用什么容器保存蜂巢蜜最好呢？事实上长期保存蜂巢蜜最好选择陶瓷容器或玻璃容器。
二、严防进水
蜂巢蜜在保存过程中最害怕的是水分，原因是蜂巢蜜本身是糖的过饱和溶液且渗透压非常高，高渗透压下很多微生物无法正常生存，但若混入水分则易因微生物大量繁殖而变质，尤其是取用时一定要确保勺子的干燥，事实上很多蜂巢蜜变质都是因取用时使用了带水的勺子而导致的。
三、密封保存
蜂巢蜜密封保存可以大大延长保质期，原因是密封能有效防止空气中的微生物进入蜂巢蜜中，同时蜂巢蜜有较强的润泽性易吸收空气中的水分而导致变质，另外蜂巢蜜有较强的吸附性易吸附空气中其他气味而导致串味，例如蜂巢蜜长期与大蒜一起保存会使蜂巢蜜带有浓浓的大蒜味。
四、取用正确
蜂巢蜜取用时一定要确保勺子的清洁，原因是勺子上附带的东西极有可能会污染蜂巢蜜，同时在取用蜂巢蜜时一定要用干燥的勺子，用带水的勺子取用蜂巢蜜会加快变质速度(原因前面已经说了)，另外取用完成后要及时将容器密封好，因为长时间敞开保存也极容易导致蜂巢蜜变质。
总结：蜂巢蜜对保存方式没有要求，既可以在常温下保存，也可以放在冰箱中保存，事实上蜂巢蜜只要密封好完全可以长时间保存，但前提必须是自然成熟的蜂巢蜜，假蜂巢蜜可能很快就会变质。
