蜂蜜是蜜蜂从野外采集来的，因此原蜜（指蜂巢中的蜜）会含有微生物，在生产过程中也可能受到微生物污染，最常见的是嗜渗酵母和耐高糖酵母，其中嗜渗酵母是蜂蜜产生气泡的主要原因。嗜渗酵母在蜂蜜水分含量较高，且温度适宜时可大量繁殖，发酵产生难以去除的泡沫。它能将蜂蜜中的蔗糖转化为乙醇，有时还可以将乙醇转化为乙酸，影响蜂蜜的口味。制定蜂蜜国家标准的时候，对嗜渗酵母指标曾存在一些争议，毕竟它不会引起食品安全问题，只是影响蜂蜜质量，但最终这一指标还是被纳入强制标准。此外，蜂蜜中的葡萄糖在葡萄糖氧化酶的作用下会产生抗菌物质——过氧化氢，其在高温下易分解产生氧气，也会导致气泡出现。
结晶是蜂蜜生产、加工和储存过程中经常发生的现象，且经常伴随着分层。蜂蜜的主要成分是葡萄糖和果糖，它是一种过饱和溶液。葡萄糖的溶解度比果糖低，当温度降低时，葡萄糖就会结晶析出，结晶沉到底部，导致蜂蜜出现分层。一般来说，冬季气温低时更容易出现结晶；温度波动越大，蜂蜜结晶现象越明显。当温度升高后，葡萄糖的溶解度增加，就会导致结晶融化，出现上层液态、下层结晶的情况，表现为分层。蜂蜜的结晶还与蜂蜜的种类、含水量有关。如洋槐蜜、荆花蜜不易结晶，但油菜蜜、棉花蜜、向日葵蜜就容易结晶。另外，含水量多的蜂蜜，由于溶液的过饱和程度降低，结晶速度也会变慢，不那么容易结晶。
总之，蜂蜜出现结晶、分层或者起泡，都不会带来食品安全问题，可以放心食用，但会影响蜂蜜的外观和口感。日常存放蜂蜜要注意两点：一是放在阴凉、通风、避光处保存。一般来说，储藏温度越高，环境越潮湿，越容易滋生微生物。二是蜂蜜容易吸潮，所以一定要注意密封保存。
